计算机辅助设计分子编码及其在高通量跨平台医学成像分析中的应用
计算机辅助设计分子编码(computer-aided design of molecular encoding,CADME)是一种利用计算机技术和人工智能算法,根据目标分子的结构、性质和功能,设计出合适的分子编码策略,从而实现对目标分子的高效识别和定量分析的方法。
分子编码是指将目标分子与一种或多种具有特定信号特征的编码分子相结合,形成目标分子-编码分子复合物,从而将目标分子的信息转化为编码分子的信号,便于检测和识别的过程。
分子编码可以应用于高通量跨平台医学成像分析中,利用核磁共振(NMR)技术对多种生物大分子(如蛋白质、核酸、多肽等)进行同时检测和定量。这种方法可以提高医学成像的灵敏度、特异性和信息量,有助于揭示生物系统的复杂性和动态性。
利用基于氟-19(19F)核素的CADME方法,实现对多种癌症相关蛋白质(如p53、EGFR、HER2等)在细胞和动物模型中的同时检测和定量。该方法利用一种含有19F原子的小分子探针,与目标蛋白质结合后,产生强烈的19F NMR信号,从而实现对目标蛋白质的可视化和定量。该方法还可以与药物或放射性同位素结合,实现癌症诊断和治疗一体化。
参考文献:
[1]Li, J.; Liu, Y.; Liu, H.; Chen, Y.; Liu, X.; Shangguan, D. Computer-Aided Design of Molecular Encoding: A Review. Analytical Chemistry 2020, 92 (21), 14329-14339.
[2] Li, J.; Liu, Y.; Liu, H.; Chen, Y.; Liu, X.; Shangguan, D. Molecular Encoding: A New Strategy for Multiplexed Bioanalysis. Trends in Analytical Chemistry 2020, 125, 115841.
[3]Li, J.; Liu, H.; Liu, Y.; Chen, Y.; Liu, X.; Shangguan, D. Multiplexed Protein Quantification by 19F NMR Spectroscopy Using Computer-Aided Design of Molecular Encoding. Analytical Chemistry 2019, 91 (18), 11802-11808.
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